Ion PGM™ – настольная система NGS-секвенирования на основе полупроводниковой платформы, доступная практически каждой лаборатории. Применяется в фундаментально-научных исследованиях (заболевания человека и животных, стволовые клетки, эпигеномные и метагеномные исследования, исследования древней ДНК и др.), в клинической и судебной медицине, эпидемиологии.
Секвенирование |
Целевое |
Секвенирование |
Секвенирование генов человека, животных, растений (от одного до сотен и тысяч генов);
Целевое секвенирование участков генома любого организма;
Поиск соматических и наследственных мутаций при онкологических исследованиях;
Анализ экспрессии генов и некодирующих РНК, в том числе малых РНК;
Преимплантационое и пренатальное генетическое тестирование;
Полное повторное секвенирование геномов бактерий, вирусов и грибов (поиск SNP, структурных перестроек и вариаций копийности, полногеномное генотипирование);
Метагеномные исследования по последовательности 16S рРНК;
Анализ митохондриальной ДНК;
Анализ генов HLA;
Секвенирование геномов бактерий, вирусов и грибов de novo;
Анализ белок–ДНК взаимодействий (СhIP-Seq);
Секвенирование транскриптома (для небольших геномов).
Скорость. Время секвенирования – от 30 мин. Процедура пробоподготовки, секвенирования и анализа данных часовможет быть проведена в течение суток;
Точность. Высокое качество сиквенса. Идеален для анализа SNP: самая низкая частота однонуклеотидных ошибок чтения среди настольных секвенаторов нового поколения;
Простота. Простой рабочий процесс, возможность автоматизации пробоподготовки, легкое управление прибором;
Низкая стоимость запуска;
Масштабируемость. Наличие 3-х видов чипов с различной производительностью при универсальных реагентах для пробоподготовки. Нет необходимости копить образцы и ждать дорогостоящего запуска!
Самая массовая и цитируемая технология NGS-секвенирования среди настольных систем. Всемирное сообщество исследователей
Виды микрочипов |
Ion 314 v2, Ion 316 v2, Ion 318 v2 |
Производительность за прогон, пар нуклеотидов (при длине прочтения 400 п.н.) |
чип 314 v2: 60-100 Мб; чип 316 v2: 600 Мб - 1 Гб; чип 318 v2: до 1.2-2 Гб |
Длина прочтения, пар нуклеотидов |
задается пользователем в диапазоне 25-400 п.н. |
Время секвенирования (при длине прочтения 400 п.н.) |
чип 314 v2 - 3,7 ч; чип 316 v2 - 4,9 ч; чип 318 v2 - 7,3 ч |
Количество прочтений за прогон (число ридов) |
чип 314 v2 400-550 тыс; чип 316 v2 2-3 млн; чип 318 v2 4-5,5 млн |
Ion Torrent сервер |
два шестиядерных процессора, 48 Гб RAM, восемь дисков объемом по 2 Тб (RAID 5) |
Форматы выходных данных |
BAM, FASTQ, SFF, VCF |
Число образцов, одновременно секвенируемых за 1 запуск прибора |
1-384 с использованием технологии штрих-кодирования |
Размеры, мм |
610 х 510 х 530 |
Вес, кг |
30 |
Требуемая мощность сети |
max 9 A |